Dado que OP solicitó una forma de reemplazar todas las identificaciones duplicadas antes de anexarlas, quizás algo como esto funcionaría. Suponiendo que quería clonar MainConfig_1 en un bloque de HTML como este:
<div id="smallConfig">
<div id="MainConfig_1">
<ul>
<li id="red_1">red</li>
<li id="blue_1">blue</li>
</ul>
</div>
</div>
El código podría ser algo como lo siguiente, para encontrar todos los elementos secundarios (y descendientes) del bloque clonado, y modificar su ID de usar una contador:
var cur_num = 1; // Counter used previously.
//...
var cloned = $("#MainConfig_" + cur_num).clone(true, true).get(0);
++cur_num;
cloned.id = "MainConfig_" + cur_num; // Change the div itself.
$(cloned).find("*").each(function(index, element) { // And all inner elements.
if(element.id)
{
var matches = element.id.match(/(.+)_\d+/);
if(matches && matches.length >= 2) // Captures start at [1].
element.id = matches[1] + "_" + cur_num;
}
});
$(cloned).appendTo($("#smallConfig"));
para crear nuevas HTML así:
<div id="smallConfig">
<div id="MainConfig_1">
<ul>
<li id="red_1">red</li>
<li id="blue_1">blue</li>
</ul>
</div>
<div id="MainConfig_2">
<ul>
<li id="red_2">red</li>
<li id="blue_2">blue</li>
</ul>
</div>
</div>
@ Adam Naylor Ser smarmy no es útil. –