Como OLT ya se ha señalado, Image.paste
no funciona correctamente, cuando la fuente y destino de ambos contienen alfa.
cuenta la situación siguiente:
Dos imágenes de prueba, ambos contienen alfa:

layer1 = Image.open("layer1.png")
layer2 = Image.open("layer2.png")
composición de imágenes usando Image.paste
así:
final1 = Image.new("RGBA", layer1.size)
final1.paste(layer1, (0,0), layer1)
final1.paste(layer2, (0,0), layer2)
produce la siguiente imagen (la parte alfa de los píxeles rojos superpuestos se toma completamente de la segunda capa).Los píxeles no se mezclan correctamente):
imagen Composición

usando Image.alpha_composite
así:
final2 = Image.new("RGBA", layer1.size)
final2 = Image.alpha_composite(final2, layer1)
final2 = Image.alpha_composite(final2, layer2)
produce la imagen de la siguiente (correcto):

No use ';' al final de sus comandos en python: Es feo ... – nosklo
Lo tendré en cuenta, ¡gracias! – Arackna