Puede usar el administrador de complementos Vundle en cygwin.
Get it here.
Para instalarlo sólo clonarlo en su diectory casa. Pero desde Git y cygwin interpretarán el camino diferente que tiene que hacer:
$ git clone https://github.com/VundleVim/Vundle.vim.git /cygwin64/home/USERNAME/.vim/bundle/Vundle.vim
sólo tienes que seguir las instrucciones. Al final se tiene que modificar el vimrc similar a una ventana de instalar, pero en este caso sólo hay que modificar
set rtp+=~/.vim/bundle/Vundle.vim
call vundle#begin()
a
set rtp+=c:/cygwin64/home/USERNAME/.vim/bundle/Vundle.vim/
call vundle#begin('c:/cygwin64/home/USERNAME/.vim/bundle/')
después de que va a tener todo el confort vundle en vim.
¿Qué sucede cuando haces que el directorio '.vim' de tu homedir y tu instales un plugin allí. – khachik