He utilizado con éxito jquery, YUI y Dojo en diferentes proyectos django. No hay nada sobre los que hicieron que sea mejor usar específicamente con django. Estoy de acuerdo con jpartogy que mochikit puede ajustarse a django más que cualquier otro solo por la API "pitonica" (retorcida). Realmente depende de lo que estás buscando en un marco ajax.
Personalmente, me gusta lo que jQuery puede hacer con determinadas cantidades de código, pero el mayor desafío al escribir código jQuery es hacerlo legible.
YUI es mucho más detallado que otros marcos porque establece una convención para usar espacios de nombres, pero hay accesos directos para escribir menos código y evita tratar de hacer que javascript se parezca a algo más.
Dojo intenta hacer que JavaScript parezca Java y desde mi experiencia es bastante lento. Tiene algunos widgets bonitos y una implementación javascript del lenguaje de plantillas django (que es bastante útil incluso fuera de los proyectos de django).
Personalmente evito prototipos y mootools porque pueden romper otro código de javascript (o viceversa).
Si eres nuevo en javascript y ajax, recomiendo jQuery porque es el más fácil para empezar. Pero no espero que ningún framework js se integre con django principalmente porque realmente no hay necesidad de eso.
Cambió el título de su pregunta a algo más relevante. – mmcdole
Habría sido bueno aclarar si esta es una pregunta acerca de las librerías javascript (prototypejs, jquery, dojo ...) o las librerías Django/Python (dajax ...) –
Parece que las respuestas aquí están ahora muy desaprobadas como marcos tales como [Django REST Framework] (http://www.django-rest-framework.org/) y [Tastypie] (http://tastypieapi.org/) parecen ser más activos y ahora preferidos por la mayoría de los desarrolladores, mientras que otros parecen tener problemas con marcos que están menos actualizados en este momento (como [Dajax] (http://dajaxproject.com/)). –