No me ayudó a eliminar los archivos duplicados R.java y BuildConfig porque siempre estaba recreando y mostrando el error anterior.
Lo que me ayudó a entender por qué los archivos se duplicaron en los primeros lugares. En mi caso fue porque erróneamente hice una dependencia de ciclo entre mis módulos en el proyecto. De esta forma, cuando el compilador comenzó a crear clases para uno de los módulos que ya compiló como una dependencia, mostró el error. Eliminar la dependencia innecesaria y volver a compilar el proyecto solucionó el problema.
P.S.
La razón por la que no encontré el problema de dependencia de inmediato es porque el estudio de Android que estoy usando actualmente (0.6.1) tiene un error donde a veces la vista de configuración del proyecto tiene errores y muestra módulos que ya fueron eliminados o no muestra módulos que están actualmente allí en la lista de dependencia. Reiniciar el estudio de Android corrige el problema, por lo que recomiendo reiniciar antes de aplicar el arreglo anterior.
Esto funcionó para mí. ¡Hurra! – Yuvi