¿Hay alguna manera de knitr y producir archivos .rmd utilizando la función de herramientas externas del plugin StatET Eclipse?

Me estoy convirtiendo en un fan de los análisis reproducibles y de Sweave, Beamer y especialmente del paquete knitr.¿Hay alguna manera de knitr y producir archivos .rmd utilizando la función de herramientas externas del plugin StatET Eclipse?

RStudio permite tejer y tejer documentos con solo un clic, pero aunque RStudio es fácil de instalar, es bastante inestable y no tiene la madurez y flexibilidad del plugin StatET de Eclipse. La mayoría de los tutoriales o listas de distribución tienden a hacer referencia a RStudio IDE cuando se formulan preguntas sobre knitr y RMarkdown, pero hay muy pocas cosas sobre cómo instalar y convertir los archivos de Markdown en .Rmd utilizando el paquete knitr. Jeffrey Horner dijo cuando anunció el paquete de reducción del precio que R:

"Markdown documents to HTML, created in collaboration with RStudio. It offers the complete R Markdown feature set available in their best-of-breed IDE, however useRs can integrate markdown into their own toolchain of choice."

La última frase es lo que no he sido capaz de averiguar. En otros lugares, he visto sugerí a knitr manualmente utilizando library(knitr); knit('myfile.Rmd'), sin embargo, cuando se trata de hacer esto, recibo un error:

Warning in file(con, "r") : 
    cannot open file 'My file.Rmd': No such file or directory 
Error in file(con, "r") : cannot open the connection

yo era capaz de convertir el archivo My file.md en html usando:

library(markdown) 
markdownToHTML(file = "C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile", output="C:/Dropbox/eclipse/8. CM/Myfile.html")

Sin embargo, el código R no se ejecuta, y sospecho que primero necesito tejer el archivo .Rmd. Cualquier ayuda o indicaciones acerca de cómo poder hacer knitr markdown en StatET o en otro lugar que no sea Rstudio sería muy apreciada.

Estoy usando R versión 2.15.1 (2012-06-22) en un sistema operativo Windows 7 Professional. Versión de Eclipse: 3.8.0 y StatET 3.0.

Fuente

2012-09-12 rogervv

por el primer error que vio, parece que no está al tanto del concepto _working directory_ (escriba 'getwd()' en R); el archivo 'myfile.Rmd' debe estar debajo de su directorio de trabajo actual; para toda la pregunta, espero que los desarrolladores de StatET puedan prestarle atención; realmente no debería ser demasiado difícil (ver https://github.com/yihui/knitr/issues/252) –

Hola, Yihui, gracias por tu paquete. Estaba al tanto de getwd(), pero no del hecho de que tuve que cambiar manualmente el tipo de archivo a .Rmd antes de ejecutar con knitr. El otro problema era que mi wd no podía tener espacios (es decir, "directorio de trabajo" – rogervv

(es decir, "\ old projects \ working directory") en la ruta. Espero que esto ayude a otros usuarios.Finalmente, también espero que los desarrolladores de StatET creen una configuración para tejer rebajas en html. – rogervv

Una forma de hacerlo es utilizar un fragmento de código R:

1) crear un proyecto stateET R, con este archivo https://raw.github.com/yihui/knitr-examples/master/001-minimal.Rmd en ella.

2) en Windows-> Preferencias -> Statet -> Ejecutar/Depurar -> R código Fragmentos

clic en "Agregar ...". para crear un nuevo recorte llamado Rmd2html. contenido del fragmento:

file <- "${selected_resource_loc}" 
if (!nzchar) stop('Select a file first') 
library(knitr) 
library(markdown) 
library(tools) 
md_file <- knit(file) 
html_file <- paste(file_path_sans_ext(md_file), '.html', sep = '') 
markdownToHTML(md_file, html_file)

clic en "OK", "OK".

3) hacia atrás en su proyecto, en la vista Explorador de proyectos , haga clic derecho sobre el archivo minimal.Rmd, y seleccione "Fragmento de código de ejecución en I -> Rmd2html"

Esto debe generar el archivo minimal.html.

Fuente

2014-01-14 12:52:14

¿Hay alguna manera de knitr y producir archivos .rmd utilizando la función de herramientas externas del plugin StatET Eclipse?

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