Puede hacerlo de dos maneras:
1) Reparto port
-BindingProvider
y especificar BindingProvider.ENDPOINT_ADDRESS_PROPERTY
propiedad
MyService service = new MyService();
MyPort port = service....
BindingProvider bindingProvider = (BindingProvider) port;
bindingProvider.getRequestContext().put(
BindingProvider.ENDPOINT_ADDRESS_PROPERTY, "http://New.Endpoint/service");
2) Puede llamar al constructor de servicio generado que tiene URL WSDL como parámetro.
QName qname = new QName("http://serviceuri/", "service");
String wsdl = "http://New.Endpoint/service?wsdl";
MyServiec service = new MyServiec(new URL(wsdl), qname);
MyPort port = check...;