Al acceder a recursos en el servidor el usuario será el especificado en la configuración de suplantación no el de la aplicación grupo
Suplantación habilitada para una identidad específica. En este caso, ASP.NET se hace pasar por el token generado utilizando una identidad especificada en el archivo Web.config.
<identity impersonate="true"
userName="domain\user"
password="password" />
suplantación habilitada. En esta instancia, ASP.NET se hace pasar por el token que le pasa IIS, que es un usuario autenticado o la cuenta anónima de usuario de Internet.
<identity impersonate="true" />
Fuente: MSDN
En caso de que esté interesado, here usted tiene un artículo con una matriz de identidad para diferentes escenarios Impersonate.
Y sí, puede hacerse pasar por programáticamente como Alex Dn dijo
estamos hablando IIS5, 6 o 7? – Kev
dime acerca de ambos – developer747