Estas carpetas tienen un propósito especial. A partir de este artículo - ASP.NET Web project folder structure.
App_Code
App_Code contiene el código fuente para las clases compartidas y objetos de negocio (por ejemplo, ..cs y .vb) que desee para compilar como parte de su solicitud . En un proyecto de sitio web compilado dinámicamente, ASP.NET compila el código en la carpeta App_Code en la solicitud inicial de su aplicación. Los elementos de esta carpeta se vuelven a compilar cuando se detectan cambios.
Nota: Puede agregar cualquier tipo de archivo de clase a la carpeta App_Code para crear objetos fuertemente tipados que representen esas clases. Por ejemplo, si coloca archivos de servicio web (archivos .wsdl y .xsd) en la carpeta App_Code, ASP.NET crea proxys fuertemente tipados para esas clases.
El código de la carpeta App_Code se referencia automáticamente en su aplicación. La carpeta App_Code puede contener subdirectorios de archivos, que pueden incluir archivos de clase en diferentes lenguajes de programación.
App_Data
contiene archivos de datos de aplicación, incluyendo .mdf archivos de la base, archivos XML, y otros archivos de almacenamiento de datos. La carpeta App_Data es utilizada por ASP.NET para almacenar la base de datos local de una aplicación, como la base de datos para mantener la información de membresía y rol.
Latter link's dead. – Jude
No debe dar enlaces como única respuesta a la pregunta. – thecoolmacdude