MQ en sí mismo ofrece comunicación basada en mensajes entre programas. No puedes usarlo directamente para transferir archivos. Las personas que hablan de "enviar archivos a través de MQ" a menudo significan que escribirán los programas ellos mismos para leer de un archivo, enviar MQ, recibir de MQ y escribir en otro archivo. Esto suena tentadoramente trivial al principio, pero rápidamente se vuelve muy complejo si quieres que sea robusto. No recomendado.
Lo que debe hacer si desea involucrar a MQ en sus transferencias de archivos es utilizar uno de los productos de transferencia de archivos que se encuentran en MQ. Hay una serie de ofertas maduras, de las cuales no sé casi nada, junto con un nuevo producto de la propia IBM ("Websphere MQ File Transfer Edition") que se está desarrollando activamente y que recientemente anunció una versión actualizada (7.0.1).
Para responder a su pregunta específica, he utilizado WMQFTE personalmente para transferir un archivo de 1000 GB de una máquina AIX a una de Windows, así que no creo que sus archivos "grandes" de 100 MB sean un problema :-) . No me involucro tanto con el mainframe, pero es una plataforma central para FTE.
¡Muchas gracias! Eso es exactamente lo que necesitaba escuchar. – user62564