Sin duda, hay un montón de productos listos para usar que podrías comprar (creo que algunas herramientas de RedGate pueden ser útiles aquí), así como Visual Studio Team Suite - Edición de base de datos.
A la luz de la compra de algo, por qué no considerar el uso de SQL Management Objects (SMO)?
He escrito un par de utilidades que generan las secuencias de comandos T-SQL (utilizando la clase Scripter) que produce los mismos scripts que se obtiene de la generación de secuencias de comandos a través el SQL Server Management Studio (usa la misma funcionalidad).
Puede integrar una utilidad de este tipo en un proceso de compilación/script que le permita generar scripts y luego verifique la versión & en un repositorio de origen. Además, puede agrupar las secuencias de comandos en un único archivo (si lo desea) que supera el mantenimiento de cientos de archivos individuales.
Escribí un blog entry acerca de este enfoque hace un tiempo.
ver más en el SMO class Scripter
Aquí hay unas cuantas más entradas que pueden ser útiles:
http://www.sqlteam.com/article/scripting-database-objects-using-smo-updated
http://sqlblog.com/blogs/ben_miller/archive/2007/10/03/table-scripting-with-smo-part-1.aspx