Por ejemplo, esta línea de falla:¿Por qué no puedo usar Unix Nohup con Bash For-loop?
$ nohup for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done > output.txt&
-bash: syntax error near unexpected token `do
Cuál es la forma correcta de hacerlo?
Porque 'nohup' espera un comando de una sola palabra y sus argumentos, no una construcción de bucle de shell. Tendrías que usar:
nohup sh -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done >output.txt' &
¿Escribirá esto sobre output.txt para cada archivo? Si hay información importante allí que no desea sobrescribir, usaría '>>' en lugar de '>'. –
Si tengo datos importantes en 'output.txt', no ejecutaría la salida de un programa incluso en modo de adición. Crearía un nuevo archivo, y solo cuando estuviera satisfecho de que los nuevos datos eran lo que quería, lo anexaría al archivo maestro. YMMV, por supuesto. –
@JonathanLeffler que no responde la pregunta sin embargo. Creo que esto solo trunca una vez. –
Puedes hacerlo en una línea, pero es posible que también quieras hacerlo mañana.
$ cat loopy.sh
#!/bin/sh
# a line of text describing what this task does
for i in mydir/*.fast ; do
./myscript.sh "$i"
done > output.txt
$ chmod +x loopy.sh
$ nohup loopy.sh &
A menos que 'loopy.sh' esté en la ruta, necesita invocarlo como'./Loopy.sh', al menos en este sistema Red Hat que acabo de probar con. – Tshepang
Para mí, la solución de Jonathan no redirige correctamente a Output.txt. Esto funciona mejor:
nohup bash -c 'for i in mydir/*.fasta; do ./myscript.sh "$i"; done' > output.txt &
El "por qué" es que nohup ejecuta sus argumentos con 'execv()' y 'execv()' toma un vector de argumento que se pasa directamente al núcleo, no va a través de cualquier caparazón. Por lo tanto, si quieres un caparazón, necesitas decirle a nohup que ejecute uno. –