¿Colorea la plotmatrix de ggplot por k-means clusters?

Question

Estoy tratando de crear una gráfica de pares de 6 variables de datos usando ggplot2 y colorear los puntos de acuerdo con el clúster k-means al que pertenecen. Leí la documentación del impresionante paquete "GGally" y una solución informal de Adam Laiacano [http://adamlaiacano.tumblr.com/post/13501402316/colored-plotmatrix-in-ggplot2]. Desafortunadamente, no pude encontrar ninguna forma de obtener el resultado deseado en ninguno de los dos.

Aquí hay un código de ejemplo: -

#The Swiss fertility dataset has been used here 

data_ <- read.csv("/home/tejaskale/Ubuntu\ One/IUCAA/Datasets/swiss.csv", header=TRUE) 
data_ <- na.omit(data_) 

u <- c(2, 3, 4, 5, 6, 7) 
x <- data_[,u] 
k <- 3 
maxIterations <- 100 
noOfStarts <- 100 
filename <- 'swiss.csv' 

library(ggplot2) 
library(gridExtra) 
library(GGally) 

kmeansOutput <- kmeans(x, k, maxIterations, noOfStarts) 

xNew <- cbind(x[,1:6], as.factor(kmeansOutput$cluster)) 
names(xNew)[7] <- 'cluster' 
kmeansPlot <- ggpairs(xNew[,1:6], color=xNew$cluster) 

OR 

kmeansPlot <- plotmatrix(xNew[,1:6], mapping=aes(colour=xNew$cluster)) 

Ambas parcelas se crean pero no están coloreados de acuerdo con las agrupaciones.

Espero no haber perdido una respuesta a esta pregunta en el foro y me disculpo si ese es realmente el caso. Cualquier ayuda sería muy apreciada.

Gracias!

Answer 1

La siguiente ligera modificación de plotmatrix2 funciona bien para mí:

plotmatrix2 <- function (data, mapping = aes()) 
{ 
    grid <- expand.grid(x = 1:ncol(data), y = 1:ncol(data)) 
    grid <- subset(grid, x != y) 
    all <- do.call("rbind", lapply(1:nrow(grid), function(i) { 
     xcol <- grid[i, "x"] 
     ycol <- grid[i, "y"] 
     data.frame(xvar = names(data)[ycol], yvar = names(data)[xcol], 
      x = data[, xcol], y = data[, ycol], data) 
    })) 
    all$xvar <- factor(all$xvar, levels = names(data)) 
    all$yvar <- factor(all$yvar, levels = names(data)) 
    densities <- do.call("rbind", lapply(1:ncol(data), function(i) { 
     data.frame(xvar = names(data)[i], yvar = names(data)[i], 
      x = data[, i]) 
    })) 
    densities$xvar <- factor(densities$xvar, levels = names(data)) 
    densities$yvar <- factor(densities$yvar, levels = names(data)) 
    mapping <- defaults(mapping, aes_string(x = "x", y = "y")) 
    class(mapping) <- "uneval" 
    ggplot(all) + facet_grid(xvar ~ yvar, scales = "free") + 
     geom_point(mapping, na.rm = TRUE) + stat_density(aes(x = x, 
     y = ..scaled.. * diff(range(x)) + min(x)), data = densities, 
     position = "identity", colour = "grey20", geom = "line") 
} 


plotmatrix2(mtcars[,1:3],aes(colour = factor(cyl))) 

Puede ser un problema de ggplot2 versión, pero tuve que forzar las variables de facetado en la trama de datos densities ser factores (eso me parece roto incluso en la versión GGally). Además, generalmente no pasa vectores a aes(), sino simplemente nombres de columna.