Me di cuenta de esto. Pensé en publicar una respuesta para cualquier persona interesada. La representación es diferente entre las dos versiones de AjaxControlToolkit. Para reubicar la ventana de ValidatorCallout encontré que lo siguiente funcionaba mejor.
Tiene que anular todas las clases .ajax__validatorcallout_ * css que genera el kit de herramientas con sus propios estilos personalizados. Es extraño, pero parece que debes anular cada estilo para que funcione correctamente. Utilicé la barra de herramientas de desarrollo web de firefox para descubrir los estilos que se estaban generando y luego los superé de la siguiente manera.
<style>
.CustomValidator {position:relative;margin-left:-80px;}
.CustomValidator div {border:solid 1px Black;background-color:LemonChiffon; position:relative;}
.CustomValidator td {border:solid 1px Black;background-color:LemonChiffon;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_popup_table {display:none;border:none;background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_popup_table_row {vertical-align:top;height:100%;background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_cell {width:20px;height:100%;text-align:right;vertical-align:top;border:none;background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_table {height:100%;border:none;background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_table_row {background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_arrow_cell {padding:8px 0px 0px 0px;text-align:right;vertical-align:top;font-size:1px;border:none;background-color:transparent;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_arrow_cell .ajax__validatorcallout_innerdiv {font-size:1px;position:relative;left:1px;border-bottom:none;border-right:none;border-left:none;width:15px;background-color:transparent;padding:0px;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_callout_arrow_cell .ajax__validatorcallout_innerdiv div {height:1px;overflow:hidden;border-top:none;border-bottom:none;border-right:none;padding:0px;margin-left:auto;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_error_message_cell {font-family:Verdana;font-size:10px;padding:5px;border-right:none;border-left:none;width:100%;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_icon_cell {width:20px;padding:5px;border-right:none;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_close_button_cell {vertical-align:top;padding:0px;text-align:right;border-left:none;}
.CustomValidator .ajax__validatorcallout_close_button_cell .ajax__validatorcallout_innerdiv {border:none;text-align:center;width:10px;padding:2px;cursor:pointer;}
</style>
Nota: He añadido la primera .CustomValidator {position: relative; margin-left: -80px;} línea a las clases que se generaron. También estallé .CustomValidator div, .CustomValidator td para poder agregar la posición: relative; al div y no al td. El margen izquierdo: -80px es lo que necesitaba para cambiar todo lo que quedaba.
A continuación, sólo se adhieren al CustomValidator CssClass en su ValidatorCalloutExtender:
<cc1:ValidatorCalloutExtender ID="ValidatorCalloutExtender1" runat="server" TargetControlID="MyValidatorControl" CssClass="CustomValidator">