línea que une rompe en el archivo FASTA con la condición de SED/AWK/Perl de una sola línea

Question

tengo un dato que se parece a esto

> sq1 
foofoofoobar 
foofoofoo 
> sq2 
quxquxquxbar 
quxquxquxbar 
quxx 
> sq3 
paxpaxpax 
pax 

Lo que quiero hacer es unirlos en una linea:

> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax 

He intentado este código pero no.

sed -e 'te' -e 'H;$!d;:e' -e 'x;/^$/d;s/\n//g' 

¿Cuál es la forma correcta de hacerlo?

Answer 1

$ awk '/^>/&&NR>1{print "";}{ printf "%s",/^>/ ? $0" ":$0 }' file 
> sq1 foofoofoobarfoofoofoo 
> sq2 quxquxquxbarquxquxquxbarquxx 
> sq3 paxpaxpaxpax 

Answer 2

Esta es una manera de hacer lo que desee con sed:

sed -n '1{x;d;x};${H;x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};/^>/{x;s/\n/ /1;s/\n//g;p;b};H' 

Answer 3

perl -ne '!/^>/ ? chomp($p) : (chomp $_, $_.=" "); print $p; $p = $_; END{print $p} 

... que, por supuesto, si se desea se podría escribir mucho más corto.

Answer 4

Esta es podría funcionar para usted:

sed ':a;$!{N;ba};s/\n//g;s/> sq[0-9]*/\n& /g;s/.//' file 

o esto:

sed ':a;$!N;s/\n\([^>]\)/\a\1/;ta;s/\a/ /;s///g;P;D' file 

o esto:

awk -vRS='> sq' '{sub(/^/,RS);sub(/\n/," ");gsub(/\n/,"")};NR>1' file 

Answer 5

más corta sed solución de lo que yo era capaz de encontrar:

sed -n '/^>/!{H;$!b};s/$/ /;x;1b;s/\n//g;p'