Francamente Aptana 3 no está organizado para tener los archivos fuente en el mismo directorio. Básicamente te obliga a tener los archivos fuente en dos directorios separados (edición de fuente, implementada) e independientemente de lo que desees, te importa especialmente.
Ahora si me equivoco en esto y alguien puede hacer un simple paso a paso sobre cómo hacer esto, entonces soy todo oídos. Personalmente, solo quiero tener la fuente en mi carpeta web local y luego simplemente editarla. No tengo ningún interés en implementarlo en otro servidor. Ni en el uso de github o cualquier otro servicio. Solo quiero editar los archivos estúpidos localmente y luego probar el sitio localmente. Y no estoy dispuesto a perder más tiempo en esta idea tratando de hacer que funcione.