Ok me miraba en origen para el Console.exe y profundicé en la ayuda compilada.
Se necesita un -r
Así: Console.exe -r program.exe
Command line parameters
Console supports these command line parameters:
-c <configuration file>
Specifies a configuration file.
-w <main window title>
Sets main window title. This option will override all other main window title settings (e.g. 'use tab titles' setting)
-t <tab name>
Specifies a startup tab. Tab must be defined in Console settings.
-d <directory>
Specifies a startup directory. If you want to parametrize startup dirs, you need to specify startup directory parameter as "%1"\ (backslash is outside of the double quotes)
-r <command>
Specifies a startup shell command.
-ts <sleep time in ms>
Specifies sleep time between starting next tab if multiple -t's are specified.
¿Ha mirado la documentación para la sintaxis de línea de comandos de console.exe? ¿Alguna pista allí? Editar: Los documentos no parecen funcionar ... Tendrás que buscar en la fuente que sospecho –