Ejecute su comando desde un JDialog y después de ejecutarlo, use toBack().
final JDialog dlg = new javax.swing.JDialog(null, "test", JDialog.ModalityType.DOCUMENT_MODAL);
dlg.setDefaultCloseOperation(WindowConstants.DISPOSE_ON_CLOSE);
JButton button = new JButton("Select Me");
button.addActionListener(new ActionListener() {
@Override
public void actionPerformed(ActionEvent e) {
try {
java.awt.Desktop.getDesktop().open(
new java.io.File("/home/user/Downloads/jfreechart-1.0.13-US.pdf"));
dlg.toBack();
} catch (IOException e1) {
throw new RuntimeException(e1);
}
}
});