Probablemente sea un candidato para ServerFault.com ya que todos sus servicios de aplicaciones se ejecutan muy por encima del protocolo de transporte subyacente.
Idealmente, no debería tener que cambiar nada dentro de la aplicación. Digo idealmente porque mis propias aplicaciones (es decir, el código que he escrito específicamente) usan la dirección IP en algunos lugares para identificar las conexiones internas. Esto debería cambiar, pero esto es específico de mi aplicación.
Siempre que pueda hacer ping a los servidores por IP y por nombre desde las máquinas de su cliente, se esperará que todo lo demás funcione, ya que los nombres se están resolviendo y los paquetes se están enrutando. La pila IP decodificará la carga y la pasará a cualquier servicio que esté escuchando.
La única salvedad es que las direcciones IPv6 tienen una gran cantidad de dos puntos, a fin de comprobar los navegadores pueden tener sentido de las direcciones como este:
_HTTP: // [2001: 0ff8: 0000: 0000: 0000: 0000 : 1986: 69af]: 80/
El navegador debe notar que la dirección IP está en corchetes [] y funciona como siempre, pero los navegadores más antiguos pueden caerse.
Cualquier problema que surja sería una publicación interesante en el blog.
Buena suerte
Lucas
(_HTTP para detener stackoverflow conseguir confundido)
ACTUALIZACIÓN:
Adición de IIS6 IPv6 lista de cuestiones enlace:
http://www.microsoft.com/technet/prodtechnol/WindowsServer2003/Library/IIS/4c7c6bce-213a-4125-bc36-2202e3b4c8c8.mspx?mfr=true