Python sqlalchemy: tabla sin claves principales y valores duplicados?

Question

Estoy usando una base de datos existente hecha por un tercero con sqlalchemy. Sin embargo, tengo problemas ya que las tablas no tienen claves primarias, y lo que es peor, tienen elementos duplicados para cada fila, por lo que no puedo elegir una columna existente como clave principal. Las tablas tienen dos columnas: ambas tienen valores no únicos.

Traté de mono-parche de la mesa según http://www.blog.pythonlibrary.org/2010/09/10/sqlalchemy-connecting-to-pre-existing-databases/ pero al parecer esto no funciona (ver más abajo)

Mi código actual es (MirnaTable es mi clase asignada, básicamente, sólo un esqueleto con nada más)

connection = create_engine("sqlite:///targets.sqlite") 
metadata = MetaData(bind=connection) 
db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True) 
mapper(MirnaTable, db_table) 
Session = sessionmaker(connection) 
session = Session() 

Entonces trato, por ejemplo, la emisión de

all_records = session.query(MirnaTable).all() 

Y consigo

sqlalchemy.exc.OperationalError: (OperationalError) no such column: miranda.id 
u'SELECT miranda.gene_id AS miranda_gene_id, miranda."mature_miRNA" AS 
"miranda_mature_miRNA", miranda.id AS miranda_id \nFROM miranda'() 

Así que, por supuesto, no se encuentra la columna de id. ¿Alguna idea sobre lo que estoy haciendo mal? Gracias por adelantado.

EDIT: Conforme a lo solicitado, aquí es un ejemplo de la tabla (recuperados directamente de sqlite):

gene mature_miRNA 
---- ------------- 
80205 hsa-miR-200c 
80205 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9693 hsa-miR-200c 
9881 hsa-miR-200c 
9710 hsa-miR-200c 
9750 hsa-miR-200c 

Answer 1

Ha malinterpretado la publicación a la que hace referencia. Debe elegir una columna existente y definirla como primaria. También es posible configurar la clave primaria compuesta al ponerlos todos en definición. En su caso, creo que un gen tiene varios microARN maduros, por lo que la clave principal probablemente debería consistir en (gene_id, mature_miRNA) par. Como no hay más campos en la tabla, no es necesario marcar autoload=True.

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("gene_id", Integer, primary_key=True), 
       Column("mature_miRNA", Integer, primary_key=True)) 

No sé los tipos de campos de la tabla, por lo que cambiar de manera apropiada si no son números enteros.

Answer 2

Asegúrese de que la columna id existe antes que nada y después de haber intentado tanto mayúsculas y minúsculas .

También es posible establecer dos claves principales para la tabla:

Column("id", Integer, primary_key=True), 
Column("secondColumn", Integer, primary_key=True) 

Sin embargo, esto puede causar anomalías de actualización, si cualquier otra fila coincide exactamente esta fila. Tal vez sea mejor que recree la tabla e inserte su propia columna PK

Answer 3

Cambiar columna Identificación a rowid para la base de datos SQLite

originales:

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("id", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True) 

modificada:

db_table = Table("miranda", metadata, 
       Column("rowid", Integer, primary_key=True), 
       autoload=True)