¿Hay alguna diferencia entre los dos? Por ejemplo, en una transacción de hibernación podemos acceder a la base de datos, ejecutar algunos códigos Java y luego acceder a la base de datos nuevamente. No podemos hacer eso dentro de una transacción hecha a través de SQL, ¿o sí? ¿Es esta la diferencia?¿Diferencia entre una transacción de hibernación y una transacción de base de datos realizada mediante consultas SQL?
Los 2 se relacionan directamente entre sí: una transacción de Hibernate se asigna y controla la transacción JDBC (base de datos).
Puede hacer lo mismo con JDBC/SQL directo, sin Hibernate, aunque deberá llamar al Connection.setAutoCommit(false) para comenzar. De lo contrario, de manera predeterminada, se llama a una confirmación después de cada declaración, haciendo que cada instrucción se ejecute en su propia transacción.
Algunos detalles adicionales están disponibles en http://docs.oracle.com/javase/tutorial/jdbc/basics/transactions.html.