TypeError: coaccionar a Unicode: String necesidad o tampón

Question

Este código devuelve el mensaje de error:

• con abierto (infile, modo = 'r', buffering = -1) como in_f, abierto (archivosalida , modo = 'w', buffering = -1) como archivo_sal: TypeError: coaccionar a Unicode: cadena de necesidad o tampón, se encuentra el archivo

  # Opens each file to read/modify 
  infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r') 
  outfile=open('2.txt','w') 
  
  import re 
  
  with open (infile, mode='r', buffering=-1) as in_f, open (outfile, mode='w', buffering=-1) as out_f: 
      f = (i for i in in_f if i.rstrip()) 
      for line in f: 
       _, k = line.split('\t',1) 
       x = re.findall(r'^1..100\t([+-])chr(\d+):(\d+)\.\.(\d+).+$',k) 
       if not x: 
        continue 
       out_f.write(' '.join(x[0]) + '\n') 
  

Por favor, que alguien me ayude.

Answer 1

¡Estás intentando abrir cada archivo dos veces! Primero haces:

infile=open('110331_HS1A_1_rtTA.result','r') 

y luego se pasa infile (que es un objeto de archivo) a la función open nuevo:

with open (infile, mode='r', buffering=-1) 

open es, por supuesto esperando su primer argumento a ser un nombre de archivo, ¡no es un archivo abierto!

Abre el archivo una sola vez y deberías estar bien.

Answer 2

Está intentando pasar objetos de archivo como nombres de archivo. Intente utilizar

infile = '110331_HS1A_1_rtTA.result' 
outfile = '2.txt' 

en la parte superior de su código.

(no sólo el uso duplicado de open() causa ese problema con tratar de abrir el archivo de nuevo, esto también significa que infile y outfile no están cerrados durante el curso de la ejecución, aunque ellos probablemente se cierran una vez que el programa de finaliza)

Answer 3

Para el caso menos específico (no solo el código en la pregunta, ya que este es uno de los primeros resultados en Google para este mensaje de error genérico. Este error también se produce cuando se ejecuta cierto comando os con argumento None.

Por ejemplo:

os.path.exists(arg) 
os.stat(arg) 

Levantaremos esta excepción cuando arg es Ninguno.