Sé que esto es un hilo viejo, pero XML Diff de Microsoft y la herramienta Parche funciona bien para el uso que usted describe:
http://msdn.microsoft.com/en-us/library/aa302294.aspx
La diferencia importante es que se trata de una utilidad diffing XML en lugar de una texto diff utilidad. Las utilidades que difieren en el texto reportarán una gran cantidad de falsos positivos si los nodos o atributos están en un orden diferente.
Si descarga el código de muestra, puede compilar XmlDiffView, que se puede usar para generar buenos informes HTML de las diferencias entre los archivos xml.
Lo he usado para diferir un gran número de archivos app.config y web.config, y me pareció práctico.
Sugeriría alguna indicación de qué plataforma, aparte de una referencia casual a .Net en la segunda oración de la pregunta. –