JOGL puede ser mucho más rápido que Java2D, incluso si lo usa solo para hacer gráficos 2D: como mencionó Clayworth, generalmente depende de lo que necesite hacer.
Supongo que para simulaciones físicas 2D, donde tiene objetos (texturizados o no texturizados) girando y traduciendo con 2 grados de libertad, JOGL debe proporcionar el mejor rendimiento y también le permite proporcionar una interfaz ampliable. Aquí hay un tutorial para OpenGL para gráficos 2D (C, pero se adapta fácilmente a JOGL).
JOGL tomará un poco más de tiempo para aprender que Java2D, pero lograr un buen rendimiento probablemente no requiera optimizaciones especializadas como en Java2D.
http://stackoverflow.com/questions/148478/java-2d-drawing-optimal-performance y http://stackoverflow.com/questions/196890/java2d-performance-issues pueden ser útiles. –
De hecho, creo que antes de la edición, esta pregunta podría haber sido un duplicado. No creo que sea ahora, sin embargo. –
¿Has probado la última actualización de JDK 6? – Eddie