Tuve este problema, los dlls GAC no están incluidos en las referencias.
Control hacia fuera este post que hice: Add Reference in Framework 4 Application is not showing assemblies in GAC registered with GACUtil V 4
Para facilitar las cosas, el enlace al artículo de MSDN: http://msdn.microsoft.com/en-us/library/wkze6zky(VS.100).aspx
Y parafraseando, crear una entrada en la línea de lo siguiente: [HKEY_CURRENT_USER \ SOFTWARE \ Microsoft.NETFramework \ v4.0.30319 \ AssemblyFoldersEx \ MyMagicAssemblies] y luego establezca el valor (predeterminado) para que sea una cadena cuyo valor sea la ruta que desea buscar. Mira su registro en busca ejemplos de cómo esto está configurado (por lo que el valor por defecto es: c:\dlls\
v4.0.30319 sería reemplazado con la versión marco desea que los archivos DLL para mostrar contra
porque sus dlls. están en el GAC, los usará como la referencia real y no los archivos que está mostrando en la lista de referencia. Solo si el número de versión de los dlls es diferente, usará su versión local.
Eso es impresionante. Publicación muy útil. – sleath