(Con la última versión del experto-montaje-plugin en este momento: 3.0.0)
tuve el mismo problema con una estructura de montaje.
Tenía dependencias de remolque con el mismo archivo de propiedades pero con un contenido diferente (uno bueno y el otro sobreescribiendo el primero con declaraciones faltantes).
El problema fue que finalmente tuve el archivo de configuración defectuoso reemplazando al otro en mi jar de ensamblaje.
La única solución más limpia que he encontrado para sobrescribir el archivo fue:
1 - Añadir el buen archivo que quería mantener para la construcción de mi proyecto: ejemplo: src/main/resources/META-INF/services/myfileWhichOverwriteTheBadDependenciesRessources.xml
2 - Añadir un conjunto de archivos con 'filtrada' setted a 'verdadero' en mi descriptor de montaje:
<fileSet>
<directory>${project.main.resources}/META-INF</directory>
<outputDirectory>META-INF</outputDirectory>
<filtered>true</filtered>
</fileSet>
(la propiedad 'project.main.resource' setted a 'src/main/resources' en mi caso)
Aquí hay una respuesta para un caso particular http://stackoverflow.com/a/24578209/1531945 En general, manipular 'dependencySets' y' unpackOptions' debería ser el truco. –