Hay algunos problemas de conversión para hacer esto en powershell.
este es el C# para eliminar una referencia.
DTE dte = (DTE)dteObject;
var targetProject = (VSProject)dte.GetProject(target).Object;
var refToRemove = targetProject.References.Cast<Reference>().Where(assembly => assembly.Name.EndsWith(library, System.StringComparison.InvariantCultureIgnoreCase)).FirstOrDefault();
if (refToRemove != null)
{
refToRemove.Remove();
}
Si desea utilizar el paquete nuget Solution Factory, puede usar el comando powershell que agrega la fábrica de soluciones.
Remove-LibraryReference projectName system.web
Aquí hay un enlace de la fuente de la fábrica de solución http://solutionfactory.codeplex.com/SourceControl/network/Forks/erichexter/PowershellRewrite
Actualización: nueva URL para la solución de la fábrica: https://github.com/erichexter/SolutionFactory