Aunque solo he usado Netbeans y XDebug para la depuración remota, debería ser posible usar Eclipse PDT y XDebug. Ver:
Una advertencia, sin embargo. Para configurar xdebug, deberá modificar algunas configuraciones en php.ini: no estoy seguro de si esto será posible en un servidor alojado. De lo contrario, necesitaría tener un servidor local que use para la depuración, y necesitaría encontrar otra solución para su entorno de "producción". Lo cual puede no ser una mala idea, ya que le daría un buen lugar para probar sus cambios sin arriesgarse a romper nada en su sitio real.
Además, le recomiendo que busque en Netbeans, aunque solo sea para experimentar y ver lo que puede hacer en comparación con Eclipse. Una buena característica es que puedes configurarlo para que ftp (o scp) cambie automáticamente los archivos al sitio remoto. De modo que puede hacer algunos cambios de código, hacer clic en el botón de depuración y, después de esperar un momento para que se carguen sus archivos, puede acceder al código en el sitio remoto.
enlaces están muertos. –