Usted puede generar el script del lado del servidor e incrustar el valor en él:
StringBuilder sb = new StringBuilder();
sb.Append("<script type=\"text/javascript\"");
sb.Append("var someFunc = function(){");
sb.AppendFormat("alert('{0}');", importantServerSideValue);
sb.Append("};");
sb.Append("</script>");
Page.ClientScript.RegisterClientScriptBlock("genScript", sb.ToString());
O coloque el valor de un elemento de forma oculta en la página y acceder a él desde el lado del cliente Javascript.
<!-- In the Markup -->
<asp:HtmlInputHidden id="hiddenField" runat="server" />
// And in the code-behind
hiddenField.Value = importantServerSideValue;
StringBuilder para construir scripts para inyectar en la página, aaargh, mis ojos! ;-) El campo de entrada oculto es mucho mejor :) – Rob
@Rob - Hehe. Por lo general, de manera predeterminada construyo el script en el código subyacente a menos que el OP indique que no necesita usar ninguno de los métodos especiales para registrar el script (como registrarlo como un script de inicio, etc.). –