No tendrá problemas para volver a Python 2.x después de aprender Python 3, o viceversa. No hay demasiadas diferencias. (Algunos cambios estándar de la biblioteca, imprimir es una función, todas las cadenas son unicode, nunca se dará cuenta de la mayoría de ellas).
De manera realista, si aprende Python 3 ahora, y consigue un trabajo trabajando con Python, casi seguro que estará trabajando con Python 2.x por el momento. Python 3 aún no ha logrado una amplia adopción. Sin embargo, Python 3 será más adoptado en el futuro cercano, ya que varias bibliotecas están siendo portadas a Python 3.
Si necesita usar Matplotlib específicamente, entonces debe usar Python 2.7 (no tiene sentido usar Python 3) ahora mismo si la biblioteca que necesita no funciona para eso). Pero aprender Python 3 en primer lugar de ninguna manera te pondrá en desventaja y puede ponerte por delante de la curva cuando la mayoría de la gente finalmente hace el cambio.
Tampoco hay nada que le impida usar ambos (Python 3 para aprendizaje/experimentación, Python 2.7 para el trabajo).
numpy admite py3k, matplotlib no. – SilentGhost
posible duplicado de http://stackoverflow.com/questions/880485/should-i-learn-python-2-x-or-start-learning-python-3 y, bueno, duplicados de eso. – badp
Algo diferente. La respuesta a "Debería aprender Python 2 o 3" es "Python 2". Esta pregunta es "¿Se desperdicia un curso de Python 3?". La respuesta es no". –