Tuve el mismo problema al enviar a la Mac App Store con Xcode 3.2.6. Tenía Xcode 4 instalado, pero solo en una partición separada.
No quería desinstalar y volver a instalar todas las herramientas de desarrollador, así que probé con la otra respuesta sugerida anterior, que era rebajar a Application Loader 1.3. Lamentablemente, esto tampoco funcionó, porque cuando traté de validar o enviar a Mac App Store, Xcode afirmaba que no había marcado la aplicación en iTunes Connect como "Ready for Upload". Comprobé doble y triplemente en Xcode que ya había marcado la aplicación como tal (y Application Loader 1.4.1 no tuvo problemas con eso).
Por lo tanto, en su lugar, traté de encontrar una versión diferente de Application Loader que podría funcionar. Con Pacifist (http://www.charlessoft.com/), extraje Application Loader 1.4.1 del instalador de Xcode 4.1 DP1 (que había guardado). Al reemplazar el cargador de aplicaciones existente (también versión 1.4.1) incluido con Xcode 3.2.6, la versión de Xcode 4.1 DP1 no tenía el "com.apple.transporter.util.StreamUtil.readBytes (Ljava/io/InputStream;) [B "problema como se menciona en la pregunta.
Así que esa es otra alternativa para probar. Esta corrección ha sido confirmada por otro desarrollador.
En caso de que no tiene una copia del instalador DP1 Xcode 4.1, puede descargar sólo que la versión del cargador de aplicaciones en esta dirección: https://public.me.com/ix/simx/Application-Loader-1.4.1-from-Xcode-4.1-dp1.zip
Estamos teniendo el mismo problema, también con gestor de la aplicación 1.4. 1 y con XCode 4 a través de Organizador -> Archivos. Algunas personas están hablando de este problema aquí: http://discussions.apple.com/message.jspa? messageID = 13205902 # 13205902 También escribió al equipo de iTunes Connect, pero no tienen ninguna respuesta todavía :( –