Estoy ejecutando un programa de ensamblaje de genoma * Trinity, http://trinityrnaseq.sourceforge.net/, si está interesado) en uno de los recursos XSEDE. El hardware limita el número de subprocesos a 2500, que el programa siempre desea exceder ... ¿Existe una manera fácil de limitar el número de subprocesos ejecutados? He intentado -XX:ParallelGCThreads=16
, pero esto parece introducir nuevos errores.En tiempo de ejecución, ¿cómo puedo limitar el número de subprocesos java
Entonces, ¿hay un comando de tiempo de ejecución para limitar el número total de hilos?
El problema es que, incluso si pudiera decirle a la JVM que limite el número de subprocesos, la lógica de la aplicación Trinity aún trataría de obtener más subprocesos y, por lo tanto, fallaría (o bloquearía) en el tiempo de ejecución. Parece que realmente quieres parchar la base del código de Trinity para usar una estrategia diferente de bifurcación/creación de hilo, y eso requeriría obtener su fuente y cambiarla. –
Revisé los documentos de Trinity y vi una opción --CPU. ¿Has probado eso? – user949300
Revisé los documentos de Trinity y vi una opción --CPU. ¿Has probado eso? – user949300