Recientemente cambié un grupo de columnas a utf8_general_ci (la intercalación UTF-8 predeterminada) pero al intentar cambiar una columna en particular, recibí el error de MySQL:Error de MySQL: "Column 'columnname' no puede ser parte del índice FULLTEXT"
Column 'node_content' cannot be part of FULLTEXT index
en mirando a través de documentos, parece que MySQL tiene un problema con índices FULLTEXT en algunos juegos de caracteres multi-byte como el UCS-2, sino que debe trabajar en UTF-8.
Estoy en la última versión estable de MySQL 5.0.x (5.0.77 creo).
Creo que sería una limitación de MySQL en lugar de phpMyAdmin uno - tendría que cambiarlos todos en el mismo comando ALTER porque no puede haber intercalaciones mixtas en un índice FULLTEXT, incluso si es solo para un "rato". – thomasrutter