Sólo teniendo muchos nodos DOM no deberían ser un problema (a menos que el cliente tenga poca RAM); sin embargo, manipulando muchos nodos DOM serán bastante lentos. Por ejemplo, recorrer un grupo de elementos y cambiar el color de fondo de cada uno está bien si está haciendo esto en 100 elementos, pero puede llevar un tiempo si lo hace en 100.000. Además, algunos navegadores antiguos tienen problemas cuando se trabaja con un enorme árbol DOM; por ejemplo, desplazarse por una tabla con cientos de miles de filas puede ser inaceptablemente lento.
Una buena solución para esto es proteger la vista. Básicamente, solo muestra los elementos que están visibles en la pantalla en un momento dado, y cuando el usuario se desplaza, elimina los elementos que se ocultan y muestra los que se revelan. De esta forma, la cantidad de nodos DOM en el árbol es relativamente constante, pero en realidad no se pierde nada.
Otra solución similar a esto es implementar un límite en la cantidad de mensajes que se muestran en un momento dado.De esta forma, cualquier mensaje pasado, por ejemplo, 10,00 se elimina, y para verlos debe hacer clic en un botón o enlace que muestre más. Esto es más o menos lo que Facebook hace con sus perfiles, si necesita una referencia.
¿Tiene problemas o simplemente habla en teoría? Si es así, ¿puedes dar una url o al menos un poco más de detalle sobre qué tipo de desaceleración ves (al agregar nuevos nodos, al desplazarte, eventos ajax, etc.)? Deberías probar http://www.dynatrace.com/es/ – galambalazs