No sé acerca de la base de datos nativa, pero HTML5 WebSQL es muy lento en iPhone al usar tablas con cientos de filas, principalmente 3G, 4G es un poco mejor. En Android no hay problemas para ejecutar consultas bastante agradables: pensamos que sería lo mismo en el iPhone, pero tuvimos que dejar de utilizar WebSQL en nuestro proyecto y reescribir todo en JSON y muchas funciones más que tenían la funcionalidad de unas pocas consultas WebSQL simples.
Es una pena que oficialmente se elimine el soporte de WebSQL, pero actualmente es compatible con Android y iPhone y es muy útil en algunos casos. Así que espero y creo que WebSQL se mantendrá "no oficialmente" pero aún en Android y iPhone en el futuro.
En cuanto a su pregunta, mi experiencia me dice que depende de la estructura de sus tablas, de la complejidad de las consultas que tiene y principalmente de la cantidad de filas que tiene en las tablas. Si tiene decenas de filas, está bien utilizar WebSQL, pero si golpea 100 o más filas en una tabla, se volverá lento en iPhone.
Hola @gauravstomar ¿vinculaste la aplicación basada en HTML5 al DB nativo? Si es así, ¿cómo lo hiciste? – geoyws
@Geoyws http://gauravstomar.blogspot.in/2011/08/prepopulate-sqlite-in-phonegap.html – GauravSTomar
hey @gauravstomar, ¿has probado sin cruzar las calles? – machei