En MySQL, no hay forma de especificar un motor de almacenamiento para una determinada base de datos, solo para tablas individuales. Sin embargo, puede especificar un motor de almacenamiento que se utilizará durante una sesión con:¿Cómo puedo saber si una tabla mysql está utilizando myISAM o InnoDB Engine?
SET storage_engine=InnoDB;
Por lo que no tiene que especificar para cada tabla.
¿Cómo confirmo si todas las tablas están usando InnoDB?
posible duplicado de [¿Cómo puedo verificar el tipo de motor MySQL para una tabla específica?] (Http://stackoverflow.com/questions/213543/how-can-i-check-mysql-engine-type-for-a -specific-table) –