He estado usando WiX ampliamente para la creación de paquetes MSI. Tiene una curva de aprendizaje bastante empinada, pero una vez que sabes lo que estás haciendo, es muy poderoso. Usted dijo antes que necesita instalar Visual Studio, pero creo que es solo .NET 3.0, no el IDE completo.
Usé this WiX tutorial cuando comencé, y tiene casi todo lo que necesita allí si quiere seguir esta ruta.
Si buscas algo simple, busca una herramienta llamada WixEdit en SourceForge. Tiene una GUI para construir MSI, no es perfecta, es bastante fácil de usar y produce resultados profesionales.
Lo repetiré, WiX tiene una curva de aprendizaje muy empinada, y si lo que busca es una forma simple de empaquetar su aplicación, NSIS podría ser más fácil; o bien, podría usar la herramienta estándar IExpress.exe integrada en Windows para crear un .exe autoextraíble (pero no se "sienten" tan bien como un MSI).
¡Tienes toda la razón! Fui en busca de cómo crear una MSI y no pude encontrar nada que me haya ayudado. Entonces, ¿qué herramienta podría/debería usar para crear una MSI? Después de saber que se puede hacer, generalmente puedo descubrir cómo. – Rolan
Actualicé la respuesta para darle una lista de herramientas a considerar. Otra opción es considerar el uso de los servicios de un experto/consultor de Windows Installer. –