¿Cuál es la mejor manera de usar los scripts R en la línea de comandos (terminal)?

Question

Es muy conveniente tener scripts R para hacer gráficas simples desde la línea de comandos. Sin embargo, ejecutar R desde los scripts bash no es conveniente en absoluto. El ideal podría ser algo así como

#!/path/to/R 
... 

o

#!/usr/bin/env R 
... 

pero no he sido capaz de hacer cualquiera de los trabajos.

Otra opción es mantener las secuencias de comandos puramente en R, p. Ej. script.R, e invocándolo con R --file=script.R o similar. Sin embargo, de vez en cuando una secuencia de comandos se basará en interruptores de línea de comando oscuros en cuyo punto parte del código existe fuera de la secuencia de comandos. Ejemplo: introducir cosas furtivamente en R desde bash a través de un .Rprofile local, los switches deseados son entonces todo --vanilla implica excepto --no-init-file.

Otra opción es una secuencia de comandos bash para almacenar los indicadores R y ser ejecutable fácilmente, que luego llama al script R. El problema es que esto significa que un solo programa acaba de ser dividido en dos archivos que ahora tiene que mantenerse en sincronía, transferidos a nuevas máquinas juntas, etc.

la opción actualmente Desprecio menos está incorporando la R en una escritura del golpe :

#!/bin/bash 
... # usage message to catch bad input without invoking R 
... # any bash pre-processing of input 
... # etc 
R --random-flags <<RSCRIPT 
# R code goes here 
RSCRIPT 

Todo en un solo archivo. Es ejecutable y maneja fácilmente los argumentos. El problema es que combinar bash y R como este elimina la posibilidad de que cualquier IDE no falle en uno u otro, y hace que mi corazón duela realmente mal.

¿Hay alguna forma mejor en la que me pierdo?

Answer 1

contenido de script.r:

#!/usr/bin/Rscript 

cat("Hello") 

Invocación desde la línea de comandos:

./script.r 

Answer 2

Lo siguiente me funciona usando MSYS bash en Windows: no tengo R en mi cuadro de Linux, así que no puedo probarlo allí. Se necesitan dos ficheros - la primera llamada Dcha ejecuta R con un parámetro de archivo

# this is runr 
# following is path to R on my Windows machine 
# plus any R params you need 
c:/r/bin/r --file=$1 

que necesita para hacer de este ejecutable con chmod + x Dcha.

Luego, en el archivo de script:

#!runr 
# some R commands 
x = 1 
x 

Nota del #! La línea runr puede necesitar incluir la ruta completa a runr, dependiendo de cómo está usando el comando, cómo está configurada la variable PATH, etc.

No es bonita, pero parece funcionar.

Answer 3

Probar littler. littler proporciona hash-bang (es decir, secuencia de comandos que comienza con la capacidad #!/Some/path) para GNU R, así como el uso simple de línea de comandos y tuberías.

Answer 4

Si el programa que está utilizando para ejecutar su script necesita parámetros, ¡puede ponerlos al final del #!línea:

#!/usr/bin/R --random --switches --f 

Sin saber R, no se puede probar correctamente, pero esto parece que funciona:

axa@artemis:~$ cat r.test 
#!/usr/bin/R -q -f 
error 
axa@artemis:~$ ./r.test 
> #!/usr/bin/R -q -f 
> error 
Error: object "error" not found 
Execution halted 
axa@artemis:~$ 

Answer 5

Es posible que desee utilizar el módulo rpy2 de pitón. Sin embargo, la forma "correcta" de hacerlo es con R CMD BATCH. Puede modificar esto para escribir en STDOUT, pero el valor predeterminado es escribir en un archivo .Rout. Consulte el siguiente ejemplo:

[ramanujan:~]$cat foo.R 
print(rnorm(10)) 
[ramanujan:~]$R CMD BATCH foo.R 
[ramanujan:~]$cat foo.Rout 

R version 2.7.2 (2008-08-25) 
Copyright (C) 2008 The R Foundation for Statistical Computing 
ISBN 3-900051-07-0 

R is free software and comes with ABSOLUTELY NO WARRANTY. 
You are welcome to redistribute it under certain conditions. 
Type 'license()' or 'licence()' for distribution details. 

R is a collaborative project with many contributors. 
Type 'contributors()' for more information and 
'citation()' on how to cite R or R packages in publications. 

Type 'demo()' for some demos, 'help()' for on-line help, or 
'help.start()' for an HTML browser interface to help. 
Type 'q()' to quit R. 

[Previously saved workspace restored] 


~/.Rprofile loaded. 
Welcome at Fri Apr 17 13:33:17 2009 
> print(rnorm(10)) 
[1] 1.5891276 1.1219071 -0.6110963 0.1579430 -0.3104579 1.0072677 -0.1303165 0.6998849 1.9918643 -1.2390156 
> 

Goodbye at Fri Apr 17 13:33:17 2009 
> proc.time() 
    user system elapsed 
    0.614 0.050 0.721 

Nota: usted querrá probar el --vanilla y otras opciones para eliminar toda la costra de inicio.

Answer 6

#!/path/to/R no funciona porque R es en sí mismo una secuencia de comandos, por lo que execve no está contento.

utilizo R --slave -f script

Answer 7

Si usted está interesado en analizar los argumentos de línea de comandos a un script de R tratar RSCRIPT cuales se incluye con R a partir de la versión 2.5.x

http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/utils/html/Rscript.html

Answer 8

La respuesta de Miguel Sanchez es la forma en que debería ser. La otra forma de ejecutar Rscript podría ser el comando 'env' para ejecutar el sistema completo de RScript.

#!/usr/bin/env Rscript 

Answer 9

Trate smallR para la escritura de guiones R rápidos en la línea de comandos:

http://code.google.com/p/simple-r/

(r comando en el directorio)

El trazado de la línea de comandos usando smallR sería el siguiente :

r -p file.txt 

Answer 10

Esto funciona,

#!/usr/bin/Rscript 

pero no sé lo que pasa si usted tiene más de 1 versión de R instalado en su máquina.

Si haces así

#!/usr/bin/env Rscript 

le dice al intérprete que acaba de utilizar cualquier R aparece por primera vez en su trayectoria.

Answer 11

Solo una nota para agregar a esta publicación. Las versiones posteriores de R parecen haber enterrado algo de Rscript. Para R 3.1.2-1 en OSX descargado Ene el año 2015 me encontré en Rscript

/sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript 

Así, en lugar de algo así como #! /sw/bin/Rscript, que necesitaba usar lo siguiente en la parte superior de mi guión.

#! /sw/Library/Frameworks/R.framework/Versions/3.1/Resources/bin/Rscript 

El locate Rscript podría ser útil para usted.

Answer 12

¿Alguna vez sabe que puede usar su navegador para usar RStudio en el servidor?

http://www.rstudio.com/products/rstudio/download-server/