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Véase el Windows Installer documentation en los Componentes ... una de las reglas principales es que Cada componente se debe almacenar en una sola carpeta.
Las reglas de los componentes son muy fáciles de violar, la mejor solución es atenerse a un archivo por componente si hay alguna posibilidad de que alguno de los archivos cambie en una versión posterior.
Poner varios archivos en un componente puede causar dolores de cabeza por la línea, evitarlo si es posible a menos que tenga una razón válida - y tener más fácil de mantener las fuentes de WiX no es una razón válida :)
que estaba buscando esto y encontré esta pregunta. Lo que no me di cuenta es que lo que quería no era un componente con archivos en múltiples directorios, sino una característica que tiene archivos en diferentes directorios. Así que cree un componente para cada archivo, y en la función, haga referencia a los diferentes componentes. –