JGit es una implementación de Git, por lo que si solo está buscando una API que se dirija a la implementación nativa de git, no servirá.
JavaGit simplemente no funciona. Lo intenté en win64 con msysgit 1.8.1 y, ... bueno, simplemente no funciona. Probablemente fue probado bajo otro sistema operativo y la versión anterior de git. Uno puede seguir adelante y corregir JavaGit para sus propósitos: el código está lejos de ser complejo. Sin embargo, la madurez de la fuente no es impresionante: hay trozos no implementados, tragos excepcionales, etc. Yo diría que es un proyecto sin terminar por personas bien intencionadas.
Quizás otra alternativa sea tomar la clase de comando git de http://plugins.jetbrains.com/plugin/3033 y desacoplarla de la infraestructura de intellij. Eso es algo que yo buscaría.
Es siempre una opción, si sus casos de uso son simples, para poner en práctica su propio API, tal vez la reutilización de una biblioteca de abstracción de comandos tales como http://commons.apache.org/proper/commons-cli/
Espero que esto ayude.
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