¿Cómo cargar automáticamente la configuración en R en OSX? ¿Cómo encontrar R_HOME, configurar Rprofile.site, etc.?

Question

Tengo un Macintosh y estoy tratando de cargar automáticamente paquetes, funciones caseras, y uso la configuración modificada cada vez que comienzo R. Creo que esto se puede hacer con un archivo llamado Rprofile.site, y al crear las funciones. Primero y . Última en ese archivo.

Un problema es que no tengo idea de cuál es mi directorio R_HOME, para qué se utiliza ni si existe. Encontré dos funciones que pensé que ambas me daban su ubicación, pero obtengo resultados diferentes.

Aquí está la primera

> Sys.getenv("R_home") 
R_home 
    "" 

Y el segundo

> R.home() 
[1] "/Library/Frameworks/R.framework/Resources" 

Por lo que yo puedo decir que segundo directorio ni siquiera existe en mi máquina. Actualmente estoy ejecutando R desde mi directorio de aplicaciones.

Answer 1

Durante los años que han llegado a confiar en la documentación help(Startup) como el mejor lugar para leer sobre esto. Hay numerosos archivos de configuración por usuario y por sitio como es habitual para las aplicaciones ricas. Puede parecer exagerado al principio, pero es un sistema realmente bueno. Y una vez que grok Renviron frente a Renviron.site y dito para Rprofile, aprecia el comportamiento constante en todas las plataformas.

Answer 2

Michael, Yo también he encontrado este tema para ser un poco confuso. Estoy en una Mac también. Creé un archivo "Rprofile" que tiene todas mis personalizaciones. Aquí se muestra cómo funciona (no creo que haya nada de especial en mi puesta a punto):

1. El "Rprofile" va en/Usuarios/michael
2. El "Rprofile" ha de estar compuesta de comandos que R lo entenderá (por ejemplo, puede obtenerlo).
3. El "Rprofile" se debe llamar .Rprofile El período inicial significa que el archivo está oculto del sistema operativo normal. Tienes que abrir una ventana de terminal y hacer una> ls -la para verla (suponiendo que cd a ese directorio, si es necesario). Además, verá muchos otros archivos ocultos. Y probablemente no exista hasta que lo cree, siguiente paso.
4. Utilizo TextEdit para crear un archivo llamado R.txt y coloco los comandos (inicio simple para propósitos de prueba).
5. Luego, en una ventana de terminal, escribo> cp R.txt. Perfil que copia el archivo R.txt visible en el archivo .Rprofile invisible Puede verificar haciendo> ls -la nuevamente para verlo en la lista del directorio.
6. Reinicia R y mira si funcionó. Por ejemplo, si coloca library (ggplot2) en su R.txt, esa biblioteca se debe cargar al inicio. Si no lo hace, entonces un comando de esa biblioteca no funcionará, como qplot (x = 1:10, y = 1:10). Otras personas puestas en comandos como el gato ("Mi .Rprofile funciona! \ N), que debe mostrar durante el lanzamiento.

HTH Bryan

Answer 3

Si ejecuta getwd(), verá su directorio de inicio de R. En un mac es típicamente /User/login_name Ahí es donde dejo mi .RProfile donde cargo funciones personalizadas y también uso frecuente de paquetes.

Ver también: Useful little functions in R (para poner en su.RProfile) y Expert R users, what's in your .Rprofile?…