jQuery no puede hacer nada que javascript no pueda hacer, por lo que se aplican los mismos estándares de seguridad. Básicamente, nunca confíe en él por seguridad. Valide siempre todas las entradas en el lado del servidor.
La mejor manera de pensarlo es que desde una perspectiva de seguridad, el javascript del lado del cliente no es realmente una parte de su aplicación. Su aplicación consiste en todas las posibles llamadas http a su servidor. Para mayor seguridad, suponga que los hackers ni siquiera utilizarán un navegador: realizarán solicitudes http directamente a su servidor. Asegúrese de no exponer ninguna vulnerabilidad en sus puntos finales http, y debería estar bien.
nota: asumí en esta respuesta que está hablando de datos y seguridad del sistema. La seguridad del usuario (evitando que sus usuarios sean infectados, etc.) es otra olla de peces, pero no estoy seguro de que tenga que ver con jQuery más que javascript en general.
Creo que la preocupación era que se plantara código malicioso en un plugin jQuery. Eso es algo que podría suceder con cualquier biblioteca de Javascript, pero no es algo que podría suceder si vas en comando. –