MyISAM e InnoDB son los motores más utilizados.
MyISAM es ligeramente más rápido que InnoDB, e implementa el índice FULLTEXT, que es bastante útil para integrar las capacidades de búsqueda. MyISAM no se transa y no implementa restricciones de clave externa, que es un inconveniente importante.
Pero puede usar lo mejor de ambos y crear tablas con diferentes motores de almacenamiento. Algunos software (WordPress, creo) usan Inno para la mayoría de los datos, como las relaciones entre páginas, versiones, etc. Los registros para las publicaciones contienen una ID que vincula a un registro en una tabla de contenido separada que usa MyISAM. De esta forma, el contenido se almacena en la tabla que tiene las mejores capacidades de búsqueda, mientras que la mayoría de los demás datos se almacenan en tablas que hacen cumplir la integridad de los datos.
Si yo fuera tú, escogería Inno, porque es el más confiable. Solo use MyISAM para fines específicos si lo necesita.
Puede configurar su base de datos para usar InnoDB de forma predeterminada al crear nuevas tablas.
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