En configure.ac, las líneas comentadas con '#' que aparecen después de que AC_INIT aparecerá en el script de configuración resultante. dnl comentarios no. Uno de los propósitos de dnl es descartar líneas nuevas no deseadas en un esfuerzo por hacer que el script configure sea legible. Además, es apropiado usar comentarios dnl para documentar una macro m4; esos comentarios no tienen sentido en el script de configuración, ya que la macro m4 no aparece allí, solo su expansión.
Los comentarios en Makefile.am se tratan de manera diferente. Makefile.am no es procesado por m4, sino por automake, donde la convención es descartar líneas que comienzan con ## precedidas únicamente por espacios en blanco. (Aunque ### comentarios llevan a Makefile.in) Como Makefile.am no es procesado por m4, 'dnl' no introduce un comentario.
dnl significa "Descartar a la siguiente línea" en caso de que sea como yo y debe saber – JeffCharter
@JeffCharter: ¡Nosotros, el acrónimo Desafiado, le saludamos! –