PHP realmente no tiene un estándar. Si está utilizando algún marco (por ejemplo, CakePHP, Zend Framework, etc.), puede imponerle algunos estándares.
Si no está utilizando una biblioteca de terceros que fuerza una estructura, solo use el sentido común. (Coloque imágenes en un directorio de imágenes, archivos incluidos en un directorio incluido, etc.) Las personas que descarguen e instalen aplicaciones PHP ya se utilizarán para cada aplicación haciendo las cosas de manera diferente. El hecho de que lo pienses un poco te pone a la cabeza de la competencia :)
convenciones de estructuras para lo ? Una aplicación MVC? Un sitio web simple? – chchrist