En SoapUI, vaya al cuadro de diálogo Preferencias, en el menú Archivo. Hay una pestaña/sección para SSL. Allí puede especificar la ruta al archivo .cer. No lo tengo aquí frente a mí, y solo he hecho .pfx, pero debería funcionar igual. Con .pfx, debe ingresar la contraseña; no está seguro si hace eso para .cer o no. También puede convertir .cer a .pfx si eso funciona mejor. Pero de todos modos, con un .pfx especificado aquí, pude usar conexiones https a nuestro servidor (en realidad, la puerta de enlace de Cisco ACE) que requería "autenticación de certificado de cliente". Fue fácil de hacer en SoapUI, lo que demuestra que la infraestructura se configuró correctamente. Nuestra aplicación, escrita en Delphi2005, tomó otras 3 semanas ... Pero al menos sabíamos lo que estábamos tratando de hacer, y teníamos una manera de verificar el resultado.
El OP no especificó un entorno de Windows. ¿El XML arriba es parte de SoapUI? – Synesso