Para IIS6 puedo usar los ayudantes de IIS en Wix para instalar una aplicación web como esta:¿Cómo instalo una aplicación ASP.Net MVC en IIS 7 usando Wix?
<iis:WebAppPool
Id="AP_MyApp"
Name="My Application Pool"
Identity="networkService" />
<iis:WebApplication
Id="WA_MyApp"
Name="MyApp"
WebAppPool="AP_MyApp">
<iis:WebApplicationExtension
CheckPath="no"
Executable="[NETFRAMEWORK20INSTALLROOTDIR]aspnet_isapi.dll"
Verbs="GET,HEAD,POST"/>
</iis:WebApplication>
Desafortunadamente, esto no funciona para IIS7. No queremos utilizar el mecanismo aspnet_isapi.dll y, en su lugar, deseamos que la interconexión integrada gestione el enrutamiento de solicitudes. El grupo de aplicaciones creado por este script está en modo Clásico, no en modo Integrado, por lo que ninguno de los controladores se ejecuta correctamente.
¿Cómo puedo instalar correctamente una aplicación MVC en IIS 7?
Bueno, desafortunadamente las extensiones de IIS aún no son compatibles con IIS7. – alexn