Aplicar sobre dos marcos de datos

Question

Estoy usando R, y tengo dos data.frames, A y B. Ambos tienen 6 filas, pero A tiene 25000 columnas (genes) y B tiene 30 columnas. Me gustaría aplicar una función con dos argumentos f(x,y) donde x es cada columna de A y y es cada columna de B. Hasta ahora se ve así:

i = 1 
for (x in A){ 
    j = 1 
    for (y in B){ 
     out[i,j] <- f(x,y) 
     j = j + 1 
    } 
    i = i + 1 
} 

Tengo dos problemas con esto: desde mi programación Python asocio hacer el seguimiento de los contadores como éste, ya enrevesada, y desde mi programación R Estoy nervioso de los bucles. Sin embargo, no puedo ver cómo aplicar apply (o incluso si debo aplicar apply) a este problema y esperaba que alguien me ilumine. Necesito tratar f() como atómico (en realidad es cor.test()) por el momento.

Answer 1

dado que está utilizando tramas de datos, que podría ser más rápido usar lapply o sapply para hacer esto (especialmente dado el alcance de sus tramas de datos). Por ejemplo,

x <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8), col3=c(9,10,11,12)) 
y <- data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8)) 
bl <- lapply(x, function(u){ 
    lapply(y, function(v){ 
     f(u,v) # Function with column from x and column from y as inputs 
    }) 
}) 
out = matrix(unlist(bl), ncol=ncol(y), byrow=T) 

Answer 2

Sin embargo, anidar las obras aplicadas no es la sintaxis más fácil.

x<-data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8), col3=c(9,10,11,12)) 
y<-data.frame(col1=c(1,2,3,4), col2=c(5,6,7,8)) 

z<-apply(x,2,function(col,df2) 
      { 
       apply(df2,2,function(col2,col1) 
          { 
           col2+col1 
          },col) 
      },y) 

---

z 
col1 col2 col3 
[1,] 2 6 10 
[2,] 4 8 12 
[3,] 6 10 14 
[4,] 8 12 16 
[5,] 6 10 14 
[6,] 8 12 16 
[7,] 10 14 18 
[8,] 12 16 20 

Answer 3

Algunos datos

nrows <- 6 
A <- data.frame(a = runif(nrows), b = runif(nrows), c = runif(nrows)) 
B <- data.frame(z = rnorm(nrows), y = rnorm(nrows)) 

El truco: recuerde columnas con expand.grid

counter <- expand.grid(seq_along(A), seq_along(B)) 
f <- function(x) 
{ 
    cor.test(A[, x["Var1"]], B[, x["Var2"]])$estimate 
} 

Ahora sólo tenemos 1 llamada a apply.

stats <- apply(counter, 1, f) 
names(stats) <- paste(names(A)[counter$Var1], names(B)[counter$Var2], sep = ",") 
stats