La forma más fácil (suponiendo que está ejecutando la versión de interfaz gráfica de usuario de Emacs), es elegir
Options->Customize Emacs->Specific Option
y tipo pitón-python-comando, y rellenar el camino a la pitón que desea. Luego, ahorra para las sesiones futuras y deberías estar bien.
No estoy seguro de por qué no estaría respetando la variable de ruta. El valor predeterminado debe ser simplemente "python" (sin ruta). Tal vez ya ha configurado esto, o está cambiando la ruta del comando en sus .emacs? Podrías mirar en ~/.emacs y ver si estás haciendo cualquiera de esos.
+1 para señalar esto ' Emacs.app en Mac OS X no hereda el mismo valor de variable de entorno PATH que en otro SO. Eso fue en realidad ** Emacs.app ** no funciona bien, pero si acaba de abrir Emacs a través de Terminal, el Python la versión es correcta, lo que tendría sentido. –