No, código NGen'd todavía necesita el marco - sólo pre-JIT el código en sus propias asambleas. También requiere el marco para el CLR en sí mismo.
Creo que Mono tiene un compilador estático que planean usar para el iPhone. No sé si eso funcionará también en Windows.
Solía haber un producto llamado Thinstall que algunas personas usaban para esto. Ahora se llama ThinApp, básicamente es virtualización de aplicaciones. Es comercial, pero es posible que puedas obtener una versión de prueba.
Personalmente, me preocupa un poco ese producto: en lo que respecta al despliegue, alejarse de la manera convencional de hacer las cosas suena como una receta para muchas llamadas de soporte. Hay un montón de cosas que salen mal. No digo que no funcione, solo que sería cauteloso.
¿Has mirado el .NET 3.5 (SP1) Client Profile? Eso puede ayudar a reducir un poco los requisitos de instalación.
puede implementar el .NET Framework con el instalador para su aplicación: http://stackoverflow.com/questions/ 626525/create-setup-project-that-includes-net-framework-3-5-sp1 – Greg